蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院的研究人員正在從干細(xì)胞中培養(yǎng)出類腦組織，然后繪制不同大腦區(qū)域中出現(xiàn)的細(xì)胞類型以及調(diào)節(jié)其發(fā)育的基因。
人腦可能是整個(gè)生命世界中最復(fù)雜的器官，長期以來一直是研究人員著迷的對象。然而，研究大腦，尤其是調(diào)節(jié)和指導(dǎo)其發(fā)育的基因和分子開關(guān)，并非易事。
迄今為止，科學(xué)家們已經(jīng)開始使用動(dòng)物模型，主要是老鼠，但他們的發(fā)現(xiàn)不能直接轉(zhuǎn)移到人類身上。老鼠的大腦結(jié)構(gòu)不同，缺乏人類大腦典型的皺紋表面。迄今為止，細(xì)胞培養(yǎng)在該領(lǐng)域的價(jià)值有限，因?yàn)榧?xì)胞在培養(yǎng)皿上生長時(shí)往往會(huì)散布在大面積上。這不符合大腦的自然三維結(jié)構(gòu)。
繪制分子指紋
由巴塞爾生物系統(tǒng)科學(xué)與工程系的 ETH 教授 Barbara Treutlein 領(lǐng)導(dǎo)的一組研究人員現(xiàn)在采用了一種新方法來研究人類大腦的發(fā)育：他們正在生長和使用類器官——毫米大小的三維可以從所謂的多能干細(xì)胞中生長出來的組織。
只要這些干細(xì)胞接受正確的刺激，研究人員就可以對它們進(jìn)行編程，使其成為體內(nèi)存在的任何類型的細(xì)胞，包括神經(jīng)元。當(dāng)干細(xì)胞聚集成一個(gè)小球組織，然后受到適當(dāng)?shù)拇碳ぃ鼈兩踔量梢宰晕医M織，形成具有復(fù)雜組織結(jié)構(gòu)的三維腦類器官。
在剛剛發(fā)表在《自然》雜志上的一項(xiàng)新研究中，Treutlein 和她的同事現(xiàn)在已經(jīng)在不同時(shí)間點(diǎn)非常詳細(xì)地研究了大腦類器官內(nèi)的數(shù)千個(gè)單個(gè)細(xì)胞。他們的目標(biāo)是用分子遺傳學(xué)術(shù)語來表征細(xì)胞：換句話說，將所有基因轉(zhuǎn)錄物(轉(zhuǎn)??錄組)的總和作為基因表達(dá)的衡量標(biāo)準(zhǔn)，同時(shí)將基因組的可及性作為調(diào)控活動(dòng)的衡量標(biāo)準(zhǔn)。他們設(shè)法將這些數(shù)據(jù)表示為一種地圖，顯示類器官內(nèi)每個(gè)細(xì)胞的分子指紋。
然而，這個(gè)過程會(huì)產(chǎn)生巨大的數(shù)據(jù)集：類器官中的每個(gè)細(xì)胞都有 20,000 個(gè)基因，而每個(gè)類器官又由數(shù)千個(gè)細(xì)胞組成。“這導(dǎo)致了一個(gè)巨大的矩陣，我們解決它的唯一方法是借助合適的程序和機(jī)器學(xué)習(xí)，” Treutlein 小組的博士生、該研究的共同主要作者之一 Jonas Fleck 解釋說。為了分析所有這些數(shù)據(jù)并預(yù)測基因調(diào)控機(jī)制，研究人員開發(fā)了自己的程序。
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