蛋白質(zhì)組學產(chǎn)生大量數(shù)據(jù)，分析和解釋這些數(shù)據(jù)可能非常復雜。在過去的十年中，免費軟件平臺 MaxQuant 已被證明對于鳥槍式蛋白質(zhì)組學的數(shù)據(jù)分析是無價的。現(xiàn)在，馬克斯普朗克生物化學研究所的組長 Jürgen Cox 和他的團隊展示了新的 2.0 版本。它為數(shù)據(jù)獨立采集 (DIA) 蛋白質(zhì)組學提供了一種改進的計算工作流程，稱為 MaxDIA。MaxDIA 包括基于庫和無庫的 DIA 蛋白質(zhì)組學，并允許高度敏感和準確的數(shù)據(jù)分析。MaxQuant 2.0 將依賴于數(shù)據(jù)和獨立于數(shù)據(jù)的采集整合到一個世界中，是朝著改進個性化醫(yī)療應用邁出的一大步。
蛋白質(zhì)對于我們的細胞發(fā)揮功能至關重要，但關于它們的合成、豐度、功能和缺陷的許多問題仍未得到解答。高通量技術有助于提高我們對這些分子的理解。為了通過液相色譜法和質(zhì)譜法 (MS) 進行分析，蛋白質(zhì)被分解成更小的肽，這一過程被稱為“鳥槍蛋白質(zhì)組學”。隨后用質(zhì)譜儀測定這些肽的質(zhì)荷比，從而得到 MS 譜圖。從這些光譜中，可以重建有關分析蛋白質(zhì)身份的信息。然而，數(shù)據(jù)的巨大數(shù)量和復雜性使得數(shù)據(jù)分析和解釋具有挑戰(zhàn)性。
使用質(zhì)譜法分析蛋白質(zhì)的兩種方法
霰彈槍蛋白質(zhì)組學中使用兩種主要方法：數(shù)據(jù)依賴采集 (DDA) 和數(shù)據(jù)獨立采集 (DIA)。在 DDA 中，預先選擇樣品中豐度最高的肽段進行碎裂和測量。這允許重建這幾個預選肽的序列，使分析更簡單、更快。然而，這種方法會導致對高豐度肽的偏向。相比之下，DIA 更加穩(wěn)健和靈敏。來自某個質(zhì)量范圍的所有肽段都被一次分割和測量，無需按豐度進行預選。
結果，這種方法產(chǎn)生了大量的數(shù)據(jù)，并且獲得的信息的復雜性大大增加。到目前為止，只有通過將新測量的光譜與包含先前測量的光譜的庫中的光譜進行匹配才能識別原始蛋白質(zhì)。
標簽： MaxDIA
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