威爾康奈爾醫(yī)學和紀念斯隆凱特琳癌癥中心的研究人員表示，對腫瘤樣本中基因活性和代謝物小分子水平進行分類的圖譜提供了一種識別癌癥深層機制的新方法。
研究人員于 6 月 19 日在《自然代謝》雜志上發(fā)表了他們的研究成果，通過結合新的和現(xiàn)有的代謝物和基因活性數(shù)據(jù)集，創(chuàng)建了癌癥代謝圖譜 (CAMP)。該圖集包含來自 11 種不同癌癥類型的 988 個腫瘤和正常組織對照樣本的數(shù)據(jù)?？茖W家對數(shù)據(jù)的分析揭示了兩大類基因-代謝物的聯(lián)系，這些聯(lián)系指出了跨癌癥類型的作用機制。
“這個新的圖譜將幫助我們建立對腫瘤如何發(fā)揮作用的核心理解，”該研究的共同高級作者 Jan Krumsiek 博士說，他是威爾康奈爾醫(yī)學院生理學和生物物理學助理教授，也是桑德拉和愛德華邁耶癌癥中心的成員。
“我們的工作解決了代謝水平和基因表達水平的變化如何協(xié)調的基本問題，”另一位研究共同高級作者、紀念斯隆凱特琳癌癥中心的計算生物學家 Ed Reznik 博士說。“我們提供的答案是美麗而微妙的：這種協(xié)調是由基因編碼酶及其代謝底物的分子作用以及腫瘤微環(huán)境中代謝獨特的免疫細胞的存在串聯(lián)出現(xiàn)的。”
該研究的共同第一作者是 Elisa Benedetti 博士，她是 Krumsiek 實驗室研究期間的研究員。以及研究期間 Reznik 實驗室的研究員 Eric Liu 博士和研究生 Cerise Tang 博士。
代謝物是組織??和血液中的代謝過程中使用或產生的有機小分子。它們通常參與生化反應，為細胞提供能量，或者作為蛋白質、糖、脂質、DNA 和 RNA 的構建模塊。
組織中代謝物水平的模式是生物學中重要的信息層之一，研究人員已經知道癌癥中的關鍵事件，例如腫瘤的發(fā)展和耐藥性的獲得，都伴隨著代謝物的顯著變化。將這些與癌癥相關的代謝物變化與基因活性的變化聯(lián)系起來有助于科學家理解為什么會發(fā)生這些代謝物變化，例如哪些酶或其他蛋白質正在驅動這些變化。在某些情況下，破壞這些機制可能有助于對抗癌癥。
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