新的 AI 方法可識(shí)別腫瘤內(nèi)部和周圍基因的位置和相互作用
SpaceMarkers 是一種新的機(jī)器學(xué)習(xí)軟件,由約翰??霍普金斯融合研究所和約翰霍普金斯 Kimmel 癌癥中心的研究人員開發(fā),可以識(shí)別腫瘤內(nèi)部和周圍不同類型細(xì)胞之間的分子相互作用。
SpaceMarkers 利用通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)獲得的信息——一種尖端技術(shù),可提高根據(jù)組織樣本在細(xì)胞中的位置測(cè)量基因表達(dá)的能力。了解單個(gè)細(xì)胞的分子特征和腫瘤微環(huán)境(腫瘤內(nèi)部和周圍的細(xì)胞)中細(xì)胞間相互作用的影響對(duì)于區(qū)分腫瘤進(jìn)展的決定因素至關(guān)重要。
介紹 SpaceMarkers 及其在不同類型癌癥中的應(yīng)用的研究作為封面文章發(fā)表在 2023 年 4 月號(hào)的《細(xì)胞系統(tǒng)》雜志上。
高表達(dá)基因通常與某些過(guò)多的細(xì)胞類型、主要生物過(guò)程或細(xì)胞類型之間的顯著相互作用有關(guān),而這些在健康組織中并不常見。資深研究作者、腫瘤學(xué)定量科學(xué)部主任兼 Convergence Institute 聯(lián)合主任 Elana Fertig 博士解釋說(shuō),由于各種原因,基因在細(xì)胞中表達(dá),其中一些基因可能導(dǎo)致癌癥進(jìn)展的高風(fēng)險(xiǎn).
“SpaceMarkers 可以幫助癌癥研究人員確定基因是否因細(xì)胞間相互作用而過(guò)度表達(dá),”Fertig 說(shuō)。“它還可以識(shí)別與感興趣基因相關(guān)的特定細(xì)胞間相互作用。這一新信息可以為研究人員提供進(jìn)一步的途徑,以了解導(dǎo)致癌癥的因素或回答為什么有些患者對(duì)某些治療有反應(yīng)而其他患者沒(méi)有反應(yīng)。”
SpaceMarkers 的工作原理是從空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中看到的單個(gè)細(xì)胞類型中識(shí)別高活性區(qū)域,主要研究作者 Atul Deshpande 博士解釋說(shuō),他是約翰霍普金斯大學(xué) Fertig 實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員。來(lái)自兩種細(xì)胞類型的高活性區(qū)域被確定為細(xì)胞間相互作用的位點(diǎn)。然后,該算法從兩種細(xì)胞類型的相互作用中識(shí)別出分子變化。
Deshpande 說(shuō),該軟件有兩種操作模式。一種是簡(jiǎn)單的差異表達(dá)模式,可識(shí)別在細(xì)胞間相互作用位點(diǎn)具有顯著更高表達(dá)的基因,表明這種相互作用導(dǎo)致基因以更高的速率表達(dá)。但是,該軟件沒(méi)有考慮細(xì)胞群的空間變化。第二種(殘差模式)在考慮了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中識(shí)別的所有細(xì)胞群后,識(shí)別出具有顯著更高表達(dá)的基因。
免責(zé)聲明:本文由用戶上傳,與本網(wǎng)站立場(chǎng)無(wú)關(guān)。財(cái)經(jīng)信息僅供讀者參考,并不構(gòu)成投資建議。投資者據(jù)此操作,風(fēng)險(xiǎn)自擔(dān)。 如有侵權(quán)請(qǐng)聯(lián)系刪除!
- 研究為類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的早期診斷和治療干預(yù)提供了潛力
- 心理學(xué)研究表明 可以通過(guò)調(diào)整你的想法和行為
- 風(fēng)險(xiǎn)模型確定急性護(hù)理使用風(fēng)險(xiǎn)最高的晚期癌癥試驗(yàn)患者
- 神經(jīng)科學(xué)正在探索你的大腦如何讓你同時(shí)體驗(yàn)兩種相反的感覺(jué)
- 研究:腫瘤微環(huán)境中的炎癥細(xì)胞將前列腺癌細(xì)胞轉(zhuǎn)化為治療耐藥細(xì)胞
- 研究揭示枸杞抗寒耐熱功效背后的秘密
- 研究顯示伴侶的多動(dòng)癥對(duì)女性心理健康和生活質(zhì)量有顯著影響
- 探索低鈉濃度對(duì)腦小膠質(zhì)細(xì)胞的影響
-
6月25-28日,由中國(guó)進(jìn)出境生物安全研究會(huì)、中國(guó)國(guó)際旅行衛(wèi)生保健協(xié)會(huì)主辦,中國(guó)青年創(chuàng)業(yè)就業(yè)基金會(huì)支持,中國(guó)出入...瀏覽全文>>
-
胃腸鏡檢查,聽起來(lái)可能有些令人不安,但實(shí)際上,它可能是生活中的救命稻草。對(duì)于一些人來(lái)說(shuō),定期進(jìn)行胃腸鏡...瀏覽全文>>
-
6月16日-20日,2025年優(yōu)秀博士后研究人員(紹興)研學(xué)活動(dòng)順利舉行。本次活動(dòng)匯聚了來(lái)自全國(guó)各地的百余名博士后,...瀏覽全文>>
-
近日,天津松果生物醫(yī)療科技有限公司自主研發(fā)的牛跟腱來(lái)源去端肽I型膠原蛋白原材料成功通過(guò)國(guó)家藥品監(jiān)督管理局...瀏覽全文>>
-
在數(shù)字化產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)型的浪潮奔涌之際,病理學(xué)正經(jīng)歷著前所未有的革新機(jī)遇。奧偉登(Evident)憑借百年光學(xué)技術(shù)積淀,以...瀏覽全文>>
-
6月6-8日,CHINAGUT 2025中國(guó)腸道大會(huì)在寧波國(guó)際會(huì)議中心隆重舉辦。大會(huì)由南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院、國(guó)家消化...瀏覽全文>>
-
在第28屆北京國(guó)際口腔展這一行業(yè)風(fēng)向標(biāo)級(jí)盛會(huì)上,北京易嶺生物科技有限公司(下面簡(jiǎn)稱易嶺生物)憑借重磅新品發(fā)...瀏覽全文>>
-
2025款上汽大眾ID 4 X在安徽阜陽(yáng)地區(qū)的售價(jià)會(huì)根據(jù)配置和選裝包有所不同?;A(chǔ)版車型的廠商指導(dǎo)價(jià)大約在20萬(wàn)...瀏覽全文>>
-
嵐圖FREE,作為一款集豪華與智能于一體的新能源SUV,正以全新的姿態(tài)迎接每一位渴望高品質(zhì)出行的用戶?,F(xiàn)在,嵐...瀏覽全文>>
-
安徽阜陽(yáng)的大眾ARTEON 2022新款現(xiàn)已到店,最低售價(jià)從34 80萬(wàn)元起,無(wú)疑是近期購(gòu)車的最佳時(shí)機(jī)。這款車型以其...瀏覽全文>>