從單細胞學習解開基因調(diào)控的新技術(shù)

DNA的包裝如何調(diào)節(jié)基因的活性?為了回答這個問題，Jop Kind 小組的研究人員(Hubrecht 研究所的小組組長和 Oncode 調(diào)查員)的 Franka Rang 和 Kim de Luca 開發(fā)了一種同時測量基因表達和 DNA 包裝的技術(shù)。這種名為 EpiDamID 的方法確定了 DNA 包裹在其周圍的修飾蛋白質(zhì)的位置。收集有關(guān)這些修飾的信息很重要，因為它們會影響 DNA 的可及性，從而影響基因活性。因此，EpiDamID 對于研究生物的早期發(fā)育很有價值。研究結(jié)果發(fā)表在Molecular Cell上。

為了使 DNA 適合細胞核，它被緊密地包裹在稱為組蛋白的核蛋白周圍。根據(jù)這種纏繞的緊密程度，DNA 可以(不)接近其他蛋白質(zhì)。因此，這決定了基因表達、DNA 轉(zhuǎn)化為 RNA 并最終轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)的過程是否可以發(fā)生。

DNA包裝決定基因活性

DNA 纏繞在組蛋白周圍的緊密度是通過在組蛋白中添加分子組來調(diào)節(jié)的，即所謂的翻譯后修飾 (PTM)。例如，如果將某些分子添加到組蛋白中，DNA 纏繞就會變松。這使得某些蛋白質(zhì)更容易接近 DNA，并導致這部分 DNA 中的基因變得活躍或表達。此外，對基因表達至關(guān)重要的蛋白質(zhì)可以直接識別和結(jié)合 PTM。這使得轉(zhuǎn)錄成為可能：DNA 復制的過程。

基因表達的調(diào)節(jié)，例如通過翻譯后修飾，也稱為表觀遺傳調(diào)節(jié)。由于身體中的所有細胞都具有相同的 DNA，因此需要調(diào)節(jié)基因表達以(去)激活單個細胞中的特定功能。例如，心肌細胞與皮膚細胞具有不同的功能，因此需要不同的基因來表達。

使用 EpiDamID 分析單細胞

為了了解 PTM 如何影響基因表達，第一作者 Franka Rang 和 Kim de Luca 設計了一種新方法來確定修飾的位置。使用這種稱為 EpiDamID 的方法，研究人員可以分析單個細胞，而以前的方法只能測量一大群細胞。如此小規(guī)模的分析導致了解每個細胞的 DNA 纏繞如何不同，而不是關(guān)于許多細胞的平均 DNA 纏繞的信息。

EpiDamID 基于 DamID，一種用于確定某些 DNA 結(jié)合蛋白結(jié)合位置的技術(shù)。使用 EpiDamID，可以在單個細胞中檢測特定 PTM 在組蛋白上的結(jié)合位置。與其他技術(shù)相比，這種技術(shù)的一大優(yōu)勢是研究人員需要非常有限的材料。此外，EpiDamID 可以與其他方法(例如顯微鏡)結(jié)合使用，以研究不同水平的基因表達調(diào)控。

前景

隨著這項技術(shù)的發(fā)展，Kind 小組將從發(fā)育生物學的角度關(guān)注 PTM 的作用。由于使用 EpiDamID 分析單個細胞，因此只需要有限數(shù)量的材料即可生成足夠的數(shù)據(jù)。這使研究人員能夠研究生物體從第一次細胞分裂開始的早期發(fā)育，當時胚胎僅由少數(shù)細胞組成。

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