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病毒測序可以揭示SARSCoV2如何傳播和進化

導讀 埃默里大學生物學副教授卡蒂亞科勒(Katia Koelle)表示,新型病毒變種的出現(xiàn)增加了對抗新冠的波折,表明需要對該病毒進行更好的基因組監(jiān)

埃默里大學生物學副教授卡蒂亞科勒(Katia Koelle)表示,新型病毒變種的出現(xiàn)增加了對抗新冠的波折,表明需要對該病毒進行更好的基因組監(jiān)測。

科爾說:“新型基因組跨州監(jiān)測的改進將真正幫助我們更好地了解大流行病毒在美國的發(fā)展和傳播?!薄靶枰嗟穆?lián)邦資金和集中的樣本收集和基因測序標準。研究人員需要訪問這樣的元數(shù)據(jù),以便更好地跟蹤病毒的地理傳播,并識別任何可能難以控制的新變種,以便衛(wèi)生官員能夠更快、更有效地做出反應?!?

Koelle研究了病毒進化和病毒傳染病流行病學傳播之間的相互作用。她是剛剛發(fā)表在《觀點》雜志上的文章《科學》的資深作者,這篇文章講述了對新型-2進行測序以控制新冠大流行的重要性。

邁克爾馬丁是埃默里大學人口、生物學和生態(tài)規(guī)劃專業(yè)的博士生,科勒實驗室成員,《科學》雜志第一作者。大衛(wèi)凡尼斯伯格是科勒實驗室的博士后研究員,也是這本書的合著者。

馬丁說:“對新型的研究一直在以閃電般的速度進行?!薄斑@種加速為我們提供了迄今為止最快的疾病數(shù)據(jù)集之一。到目前為止,我們已經(jīng)了解了很多關于這種病毒如何傳播和適應的知識,但我們?nèi)杂性S多盲點需要解決?!?

本文總結(jié)了對新型的關鍵見解,這些見解是通過對每個患者樣本的基因組測序獲得的。它還列出了剩余的挑戰(zhàn),包括收集元數(shù)據(jù)并將其整合到遺傳分析中,以及需要為成千上萬個基因組開發(fā)更有效和可擴展的計算方法。

基因組是生物體的遺傳物質(zhì)。人類基因組由雙鏈DNA組成,由四個不同的核苷酸堿基字母編碼。人類基因組由30多億個堿基對組成。相反,包括新型在內(nèi)的的基因組是由核糖核酸組成的,其結(jié)構比脫氧核糖核酸簡單。例如,新型基因組由一個只有30,000個字母長的核糖核酸鏈組成。排序是一種能讀懂這些字母的技術。

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