平臺支持癌性腫瘤的比較研究

以色列理工學(xué)院拉帕波特醫(yī)學(xué)院的研究人員開發(fā)了一種創(chuàng)新算法，可以檢測從不同患者的腫瘤收集的多維數(shù)據(jù)中的不間斷公分母。該研究發(fā)表在Cell Systems 上，由 Shai Shen-Orr 教授、Yishai Ofran 博士和 Ayelet Alpert 博士領(lǐng)導(dǎo)，并與 Technion、Rambam 醫(yī)療保健園區(qū)、Shaare Zedek Medical 的研究人員合作進(jìn)行中心和德克薩斯大學(xué)。

近年來，癌癥研究經(jīng)歷了一系列重大變革，包括引入單細(xì)胞高分辨率表征能力，或者更具體地說，使用單細(xì)胞 RNA 測序和蛋白質(zhì)組學(xué)分析同時(shí)對癌癥樣本進(jìn)行高通量分析。這導(dǎo)致在大量細(xì)胞上產(chǎn)生大量多維數(shù)據(jù)，從而可以表征健康組織和惡性組織。大量數(shù)據(jù)揭示了不同患者腫瘤之間的巨大差異，其中源自患者遺傳背景的細(xì)胞特征對每個(gè)患者來說都是獨(dú)一無二的。

盡管從特定患者的這種準(zhǔn)確表征中獲得了巨大的優(yōu)勢，但這種發(fā)展阻礙了不同患者的比較：在缺乏共同點(diǎn)的情況下，比較對于識別預(yù)后標(biāo)志物(例如死亡率或疾病嚴(yán)重程度)至關(guān)重要)，變得不可能。

Technion 研究人員開發(fā)的 tuMap 算法通過“基于方差的比較”為這一復(fù)雜挑戰(zhàn)提供了解決方案。創(chuàng)新算法提供了將眾多不同腫瘤放置在統(tǒng)一尺度上的可能性，為比較提供了基準(zhǔn)。通過這種方式，可以有意義地比較不同患者的腫瘤，以及同一患者在整個(gè)病程(例如，在診斷和治療后)的腫瘤。該算法提供的分辨率可用于臨床應(yīng)用，例如以非常高的準(zhǔn)確度預(yù)測各種臨床指標(biāo)，優(yōu)于傳統(tǒng)工具。盡管研究人員測試了算法在白血病腫瘤方面，他們認(rèn)為它也與其他癌癥類型相關(guān)。

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