集成的NGS系統(tǒng)可以提供準(zhǔn)確的基于基因組學(xué)的診斷以加速骨髓腫瘤的治療

識(shí)別骨髓腫瘤的復(fù)發(fā)性遺傳改變改善了診斷并擴(kuò)大了患者可獲得的靶向治療。然而，由于檢測(cè)這些改變所涉及的多變和漫長(zhǎng)的周轉(zhuǎn)時(shí)間，治療開(kāi)始可能會(huì)延遲。在一項(xiàng)新穎的研究中，研究人員評(píng)估了一種集成的下一代測(cè)序(NGS)系統(tǒng)，發(fā)現(xiàn)它可以提供準(zhǔn)確的、基于基因組學(xué)的診斷，以加快精準(zhǔn)治療的時(shí)間，從而有利于患者的預(yù)后。他們的研究結(jié)果發(fā)表在愛(ài)思唯爾出版的《分子診斷雜志》上。

在骨髓腫瘤中，骨髓產(chǎn)生過(guò)多或過(guò)少的紅細(xì)胞、血小板或某些白細(xì)胞。骨髓腫瘤中復(fù)發(fā)性遺傳改變的發(fā)現(xiàn)提高了診斷的準(zhǔn)確性，并擴(kuò)大了患者可用的靶向治療選擇。這一進(jìn)展與改善急性髓系白血病(AML)的治療尤其重要，目前急性髓系白血病的相對(duì)五年生存率僅為30.5%。

目前的國(guó)家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(NCCN)指南現(xiàn)在支持AML基因檢測(cè)。最近，出現(xiàn)了許多依賴于特定基因改變的存在與否的藥物靶向療法。這些藥物不僅用于復(fù)發(fā)或難治性疾病，還作為某些患者誘導(dǎo)化療的組成部分。

“這些療法的成功實(shí)施依賴于對(duì)白血病遺傳特征的即時(shí)了解，”美國(guó)紐約州紐約州紀(jì)念斯隆凱特琳癌癥中心病理學(xué)和實(shí)驗(yàn)室醫(yī)學(xué)系首席研究員KojoS.J.Elenitoba-Johnson博士解釋說(shuō)，他是賓夕法尼亞大學(xué)佩雷爾曼醫(yī)學(xué)院病理學(xué)和檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)系的醫(yī)學(xué)博士，美國(guó)賓夕法尼亞州費(fèi)城，在進(jìn)行研究時(shí)。

確定白血病的遺傳特征涉及檢測(cè)復(fù)發(fā)性、診斷性和治療相關(guān)的遺傳改變。不幸的是，目前的診斷工具使用多種技術(shù)、不同的專業(yè)領(lǐng)域和不相關(guān)的工作流程，導(dǎo)致明顯變化和漫長(zhǎng)的周轉(zhuǎn)時(shí)間，可能會(huì)延遲治療。

NGS是一個(gè)強(qiáng)大的工具，能夠識(shí)別大多數(shù)這些變化;然而，目前的NGS平臺(tái)和生物信息學(xué)瓶頸是最佳和及時(shí)診斷的重大障礙，周轉(zhuǎn)時(shí)間通常超過(guò)10至14天，從而延遲了治療決策。因此，實(shí)驗(yàn)室通常會(huì)執(zhí)行冗余測(cè)試，以支持關(guān)鍵變體的更快周轉(zhuǎn)時(shí)間。

為了滿足更有效地識(shí)別這些改變的需求，研究人員評(píng)估了IonTorrentGenexus平臺(tái)上的Oncomine骨髓檢測(cè)GX面板，這是一個(gè)快速(不到24小時(shí)的核酸到結(jié)果周轉(zhuǎn)時(shí)間)集成核酸NGS平臺(tái)，用于檢測(cè)骨髓疾病中臨床相關(guān)的遺傳畸變。標(biāo)本包括合成DNA(101個(gè)靶標(biāo))和RNA(9個(gè)靶標(biāo))對(duì)照以及來(lái)自骨髓或外周血樣本的真實(shí)世界核酸物質(zhì)(40名患者)。臨床DNA和RNA樣本是從血液或骨髓標(biāo)本中回顧性鑒定的，這些標(biāo)本已經(jīng)在臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)修正案(CLIA)認(rèn)證的臨床實(shí)驗(yàn)室中按照先前驗(yàn)證的方案進(jìn)行了核酸提取和基因檢測(cè)。

將結(jié)果和性能指標(biāo)與兩個(gè)獨(dú)立臨床實(shí)驗(yàn)室中經(jīng)過(guò)臨床驗(yàn)證的基因組測(cè)試工作流程獲得的結(jié)果和性能指標(biāo)進(jìn)行比較。該測(cè)定確定了100%的DNA和RNA對(duì)照變異。對(duì)于來(lái)自患者的標(biāo)本，它報(bào)告了82個(gè)DNA變異中的107個(gè)和臨床驗(yàn)證的測(cè)定中鑒定的所有19個(gè)RNA基因融合，總體檢出率為80%。對(duì)導(dǎo)出的未經(jīng)過(guò)濾數(shù)據(jù)的重新分析揭示了15個(gè)最初未鑒定的DNA變異，總體潛在檢測(cè)率為92%。

這些結(jié)果有望用于實(shí)施集成的NGS系統(tǒng)以快速檢測(cè)遺傳畸變，促進(jìn)準(zhǔn)確的，基于基因組學(xué)的診斷，并加快骨髓腫瘤的精準(zhǔn)治療時(shí)間。

“與目前的測(cè)試方法相比，使用該平臺(tái)具有顯著的實(shí)驗(yàn)室工作流程優(yōu)勢(shì)，”Elenitoba-Johnson博士評(píng)論道。“基于工作流程的自動(dòng)化和集成平臺(tái)可在不到24小時(shí)內(nèi)提供臨床相關(guān)結(jié)果，可以徹底改變腫瘤疾病的診斷檢查，從而可能改善患者的預(yù)后。在臨床相關(guān)的時(shí)間尺度上獲得準(zhǔn)確的結(jié)果將使基因組研究能夠在第一線部署，以對(duì)患者進(jìn)行診斷評(píng)估。諸如此類的自動(dòng)化工作流程將提高運(yùn)營(yíng)效率，并對(duì)實(shí)驗(yàn)室費(fèi)用產(chǎn)生重大經(jīng)濟(jì)影響，因?yàn)闇p少對(duì)人類參與進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室測(cè)試的需求。

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