在線期刊《電子生活》發(fā)表了第一篇文章《計算的可再現(xiàn)性》，在這篇文章中，這些數(shù)字與生成它們所需的軟件、數(shù)據(jù)和計算環(huán)境相結(jié)合。
讀者可以更改底層代碼并生成修改后的數(shù)字，以更好地理解、驗證或構(gòu)建作品。例如，他們可以重新運行代碼來查看沒有異常值的圖表，或者使用不同類型的圖表來更有效地顯示趨勢。
研究人員說，可重復的文章，其中在線生活首次以其傳統(tǒng)格式出版，去年1，是走向未來的一步，報紙不僅是靜態(tài)頁面，也是重要的一步。
“eLife正在做的是承諾研究文章的升級，這樣它就不僅僅是書面文字，而是這種多方位的交流媒介，其中包括數(shù)據(jù)和代碼作為不可或缺的一部分，”DC華盛頓喬治華盛頓機械工程大學的航空航天工程師和重復性專家Lorena Barba說。
根據(jù)英國劍橋eLife產(chǎn)品和用戶體驗主管朱利亞諾麥克西奇的說法，這篇文章是該雜志現(xiàn)在計劃擴大規(guī)模的技術(shù)原型。想要使用類似功能的作者可以聯(lián)系期刊進行考慮。
共享代碼
這些技術(shù)將使研究人員在未來更容易重用彼此的代碼。用戶不能上傳自己的數(shù)據(jù)并將其添加到數(shù)字中，但Maciocci表示，計劃是讓他們最終下載這些文章并在自己的計算機上運行，例如，使用作者的代碼分析自己的發(fā)現(xiàn)。
重用這種軟件通常很困難，這涉及到一組令人困惑的相互依賴的工具，每個工具都必須下載和安裝。eLife的概念驗證版本允許用戶查看和執(zhí)行文章主體中的代碼，而無需安裝?！白x者在執(zhí)行代碼和使用數(shù)據(jù)時沒有摩擦，”巴爾巴解釋道。
在推特上，紐約洛克菲勒大學的神經(jīng)生物學家柯里巴格曼將這一進展描述為“未來的論文”?！靶碌膃Life格式提供了更多共享數(shù)據(jù)和分析的機會，從而建立了相互的工作，”Bargmann在后續(xù)郵件中補充道。
加州大學戴維斯分校的生物信息學專家泰特斯布朗說，制作可重復文檔的能力并不新鮮。研究人員可以通過將提供交互式實驗室筆記本的Jupyter Notebook等工具與允許他人執(zhí)行代碼的基于云的軟件Binder結(jié)合起來，自己完成這項工作。布朗說：“缺少的是與出版商的整合?！?
計算膠囊
一些期刊，包括標題為F1000Research、GigaScience和Cell Press的期刊，允許作者在文章中嵌入來自基于云的平臺Code Ocean的可執(zhí)行“計算膠囊”，代碼和執(zhí)行環(huán)境以交互小部件的形式呈現(xiàn)。2018年8月，Nature Methods、Nature Biotechnology和Nature Machine Intelligence與Code Ocean啟動了一個試點項目，使用該公司的計算膠囊進行同行評審。
ELife是第一個將代碼變成文章本身一部分的期刊。
2月20日發(fā)表的增強型eLife文章描述了復制2012年論文2的嘗試，該論文討論了癌細胞中頻繁突變的基因如何影響其他基因的表達。這項研究是作為可重復性項目的一部分進行的：癌癥生物學是一項評估腫瘤學研究結(jié)果可重復性的系統(tǒng)工作，由弗吉尼亞州夏洛茨維爾的開放科學中心和加利福尼亞州帕洛阿爾托的科學交流中心領(lǐng)導。
使用一組名為eLife可重復文檔堆棧的開源工具，包括Binder和一個名為模板桌面的特殊文檔編輯器，可重復的文章看起來像任何其他文章，除了每個圖形都用一個藍色小箭頭裝飾。當用戶單擊圖標時，用于生成圖形的編程代碼將顯示在實時內(nèi)聯(lián)文本編輯器中。當用戶更改代碼時，圖形將被更新，允許用戶調(diào)整數(shù)據(jù)顯示(參見“計算再現(xiàn)性”)或測試刪除異常值的效果。
爆炸物地圖
賓夕法尼亞大學佩雷爾曼醫(yī)學院的生物信息學專家凱西格林指出，例如，本文用帶有誤差條的條形圖總結(jié)了一些數(shù)據(jù)。這種配置有時被輕蔑地稱為爆炸陰謀，因為它類似于狂野的西方爆炸雷管——而且它可能會掩蓋基本數(shù)據(jù)。使用這篇可重復的文章，讀者可以用另一種風格重現(xiàn)情節(jié)，更有效地揭示趨勢。然而，他們不能與其他讀者分享這種修改，這是格林希望看到的一個特征。“對我來說，這將是這項技術(shù)的明顯勝利，”他說。
根據(jù)Maciocci的說法，宣布這篇文章的博文是出版商中最受歡迎的一篇，自2月20日以來，擁有超過7500個獨特的瀏覽量；文章本身的用戶不到2000人?！拔覀兘^對有責任繼續(xù)推廣內(nèi)容?！?
他指出，這篇文章的所有軟件都是開源的，任何感興趣的出版商都可以使用，但他還沒有聯(lián)系《華爾街日報》。
作為原型，文章缺少參考文獻和補充數(shù)據(jù)，但Macioci表示，這些將在以后的文章中提供。
對于研究作者、開放科學中心主任蒂姆埃林頓來說，這份文件代表了研究文章本身的演變?！斑@對我來說可能是一個進步。作為一名研究人員，我不必將我的內(nèi)容從我的可重復工作流轉(zhuǎn)移到平面版本，這樣您就可以查看它——事實上，它可能只會暴露我所做的事情?！?
他承認還沒有，但這是一個開始?！皢栴}是，我們現(xiàn)在該怎么辦？我們?nèi)绾尾拍芾^續(xù)做得更好？”
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