ParseBiosciences可能會拆分單細(xì)胞RNA測序 小鼠多發(fā)性硬化癥癥狀在低溫下緩解 研究人員發(fā)現(xiàn)了關(guān)于膠質(zhì)母細(xì)胞瘤如何發(fā)展的新見解 學(xué)而思網(wǎng)校的客服電話怎么查詢(學(xué)而思網(wǎng)校的客服電話怎么查詢成績) 用手機看書好還是買實體書要好?(用手機看書好還是買實體書要好些) 光環(huán)助手下載安裝(光環(huán)助手下載安裝ios) 如何使用表格的分頁預(yù)覽功能(如何使用表格的分頁預(yù)覽功能設(shè)置) ghost32怎么使用?(ghost32什么意思怎么用) 改圖網(wǎng)在線制作名片方法教程(名片制作圖片) 科比門徒之投籃動作動態(tài)圖教學(xué)(科比投籃圖解) 光遇黃鼠狼面具攻略(光遇黃鼠狼面具圖鑒) 惠普4411S的拆機步驟(惠普4411s筆記本拆機圖解) 華為nova3教程(華為nova3的功能技巧) 如何在支付寶進(jìn)行交水費繳納(在支付寶交水費怎么交) 四芯電話線接法(四芯電話線接法順序) 性別女用英文怎么表示(性別女用英文怎么表示的) 如何讓微信朋友圈顯示來自iphone6 plus客戶端 貼吧怎么一鍵簽到--教你一鍵簽到貼吧!(貼吧的一鍵簽到) 怎么自制情侶頭像(怎么自制情侶頭像軟件) 手機對對碰APP播放視頻怎么投屏到電視上觀看(手機app視頻如何投屏到電視) 政務(wù)服務(wù)app如何更換綁定的手機號(政務(wù)服務(wù)手機號更換了) 怎么在網(wǎng)上預(yù)約掃墓?(怎么在網(wǎng)上預(yù)約掃墓作文) 安徽318川藏線自駕攻略(安徽川藏318自駕游詳細(xì)攻略) 淘寶怎么找人代付(淘寶怎么找人代付?) 暗黑3啟動游戲和伺服器斷開連接怎么辦?(暗黑3游戲連接中斷) 二手房過戶的注意事項(二手房過戶的注意事項有哪些) 滑水的常識性知識(滑水的類型) how are you doing? 怎么回復(fù)(how are you doing? 怎么回復(fù)新東方英語) 迪波斯/泰莉/帕茲爾怎么打 “啄”字的筆順怎么寫(啄字的筆畫筆順) 雞尾酒用什么方法調(diào)制(雞尾酒用什么方法調(diào)制最好) 黨在我心中手抄報內(nèi)容(黨在我心中手抄報內(nèi)容 簡單) 天下3太虛如何加點(天下3太虛如何加點數(shù)) 爐石傳說隱藏任務(wù)及卡包獎勵(爐石傳說隱藏任務(wù)及卡包獎勵是什么) QQ怎么編輯個性簽名(qq怎樣編輯個性簽名) 手機360優(yōu)化大師(手機360優(yōu)化大師鎖屏怎么去掉) 歡迎屏幕和快捷切換用戶被禁用了的解決方法(系統(tǒng)切換已禁用) 治療失眠的好辦法(治療失眠的好辦法圖片) 水浸傳感器分類有哪些?(水浸傳感器分類有哪些類型) 京東白條怎么還款(京東白條怎么還款方式) 2019年陜西高考志愿填報指南(2019年陜西高考志愿填報指南視頻) 拼多多怎么看總共消費多少錢(拼多多怎么看總共消費多少錢蘋果) 簡筆畫怎么畫卡通動物(簡筆畫怎么畫卡通動物視頻) 《凡人修真2》新手須知BOSS地圖坐標(biāo)大全(凡人修真2boss刷新點坐標(biāo)) 如何變身派對女王(如何變身派對女王小說) 聯(lián)想E430 wifi無法連接解決辦法(聯(lián)想e450無法連接wifi) 鑒賞泰山女兒茶(泰山女兒茶介紹) 如何在Start BlueStacks安裝APK文件+卸載應(yīng)用(bluestacks app player為啥卸載不了?) 美容院怎么導(dǎo)入新項目(美容院怎么導(dǎo)入新項目話術(shù)) 最新查詢要注冊的公司名稱有沒有被注冊(注冊公司在哪里查名字有沒有被注冊)
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ParseBiosciences可能會拆分單細(xì)胞RNA測序

導(dǎo)讀 當(dāng)AlexRosenberg博士和CharlieRoco博士還是華盛頓大學(xué)GeorgSeelig實驗室的研究生時,他們在白板上提出了如何提高單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)...

當(dāng)AlexRosenberg博士和CharlieRoco博士還是華盛頓大學(xué)GeorgSeelig實驗室的研究生時,他們在白板上提出了如何提高單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)可擴展性的想法。當(dāng)時,大約五年前,“大規(guī)模約為100個細(xì)胞,”羅森伯格說。他們將自己的想法發(fā)展為基于分割池連接的轉(zhuǎn)錄組測序(SPLiT-seq)的技術(shù)。

Rosenberg表示,2018年概念驗證論文在《科學(xué)》雜志上發(fā)表后,電子郵件就開始滾滾而來。他說,“大量”團體主動聯(lián)系,詢問如何在自己的系統(tǒng)中設(shè)置SPLiT-seq實驗室。兩名學(xué)生一獲得博士學(xué)位,就抓住了這個機會,創(chuàng)辦了一家名為SplitBiosciences(最近更名為ParseBiosciences)的公司,將該技術(shù)商業(yè)化。

ParseBiosciences的研究人員。

上周,在美國人類遺傳學(xué)學(xué)會(ASHG)年度會議上,ParseBio團隊發(fā)布了一款配有數(shù)據(jù)分析軟件的新試劑盒。該產(chǎn)品允許任何研究人員使用單細(xì)胞懸浮液并進(jìn)行DNA測序,對多達(dá)100萬個細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq。

更好的捕鼠器

就在Rosenberg和Roco發(fā)表SPLiT-seq論文的三年前,來自波士頓的兩個研究小組——一個來自布羅德研究所,由EvanMacosko博士領(lǐng)導(dǎo),另一個來自哈佛醫(yī)學(xué)院,由MarcKirschner博士領(lǐng)導(dǎo)——連續(xù)發(fā)表了《細(xì)胞》雜志上的論文描述了基于微流體的方法來分離液滴中的單個細(xì)胞。第二年,10XGenomics推出了基于這些技術(shù)的Chromium系統(tǒng)。從那時起,10XGenomics已成為該領(lǐng)域的既定領(lǐng)導(dǎo)者,并幫助發(fā)起了scRNA-seq革命。

但羅森伯格認(rèn)為還有改進(jìn)的空間,并且ParseBio的試劑盒比當(dāng)今現(xiàn)有的技術(shù)更好。他說,由于SPLiT-seq的簡單性,它缺乏基于液滴的方法中的一些限制。一個例子是,細(xì)胞的大小在SPLiT-seq中并不重要。這一優(yōu)勢以及其他優(yōu)勢使得scRNA-seq更易于使用且更容易擴大規(guī)模。

細(xì)胞是隔室

單細(xì)胞正是如此,基于微流體的系統(tǒng)促進(jìn)了細(xì)胞的物理分離。每個細(xì)胞都位于其自己的單獨隔室中,可以用特定于其部分的條形碼單獨標(biāo)記。

但SPLiT-seq的工作原理不同——細(xì)胞之間并不是物理隔離的。細(xì)胞是隔室。為此,細(xì)胞被固定然后透化。生化試劑進(jìn)入細(xì)胞,細(xì)胞內(nèi)發(fā)生化學(xué)反應(yīng),并添加條形碼。使用組合條形碼,該方法可以標(biāo)記大量細(xì)胞。

理論上,無需額外的臺式機器,任何分子生物學(xué)實驗室都可以使用SPLiT-seq進(jìn)行scRNA-seq實驗。使用完試劑盒后,即可制備出可在任何測序儀上進(jìn)行測序的文庫。然后使用套件中包含的軟件分析數(shù)據(jù)。

ParseBio自今年2月起推出了一款試劑盒(EvercodeWholeTranscriptomeKit),可以對100,000個細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq。上周,在ASHG上,該公司推出了可進(jìn)行一百萬個細(xì)胞的EvercodeMega,以及用于小型實驗的EvercodeMini。

一切都與概率有關(guān)

SPLiT-seq如何解析出一百萬個細(xì)胞?Rosenberg是這樣解釋的:如果你從100萬個細(xì)胞開始,將它們分成96個孔,每個孔大約有10,000個細(xì)胞。一個孔中的每個細(xì)胞都有一個條形碼。那是10,000個帶有一個條形碼的細(xì)胞——不完全是一個唯一的標(biāo)簽。然后,將細(xì)胞匯集在一起??并再次隨機分配到具有96個新孔的第二個板中。當(dāng)每個細(xì)胞開始采取獨特的路徑通過這些孔時,每個孔中都會添加第二個條形碼。這個過程通過第三輪和第四輪再次完成。隨著協(xié)議的進(jìn)展,任何兩個細(xì)胞獲得相同條形碼組合的概率變得越來越小。

然而,兩個細(xì)胞有可能一起穿過所有四輪,形成雙聯(lián)體。在其他基于液滴的技術(shù)中,兩個細(xì)胞也有可能最終出現(xiàn)在同一個液滴中。當(dāng)嘗試使用液滴擴大規(guī)模時,隨著放入更多的細(xì)胞,雙聯(lián)體的可能性會增加。

鑒于組合條形碼的指數(shù)性質(zhì),SPLiT-seq產(chǎn)生的雙聯(lián)體數(shù)量較少。可以使用涉及小鼠細(xì)胞和人類細(xì)胞混合的標(biāo)準(zhǔn)方法來測量雙聯(lián)體。使用該技術(shù),在100萬個細(xì)胞中,ParseBio試劑盒觀察到的雙聯(lián)體率為3.2%。真正的雙峰率是其兩倍。

戰(zhàn)利品歸勝利者所有

與任何打入已經(jīng)成熟市場的技術(shù)一樣,SPLiT-seq需要克服市場障礙有一條艱難的道路。在過去五年中,scRNA-seq呈爆炸式增長,這主要歸功于10XGenomicsChromium,它在全國各地的核心基因組學(xué)設(shè)施中啟動并運行。西海岸一家學(xué)術(shù)機構(gòu)的一位研究人員告訴GEN,他們的實驗室已經(jīng)開始使用Chromium生成一個大地圖集,現(xiàn)在不打算改變。

任何一家DNA測序公司都可以證明,開發(fā)新基因組技術(shù)的游戲并不是那些厭倦競爭的人所玩的游戲。但當(dāng)Rosenberg告訴GENParse的產(chǎn)品“幾乎在每個軸上都比競爭對手更好”時,他明確表示他已準(zhǔn)備好離開替補席。

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