CLEVELAND)-根據(jù)最近發(fā)表在《基因組生物學(xué)》上的新研究成果，由Cleveland Clinic領(lǐng)導(dǎo)的一組研究人員開(kāi)發(fā)了一個(gè)個(gè)性化的基因組醫(yī)學(xué)平臺(tái)，這將有助于加速基因組醫(yī)學(xué)的研究和基因組信息藥物的開(kāi)發(fā)。
該平臺(tái)名為“我的個(gè)人突變組(MPM)”，擁有一個(gè)交互式數(shù)據(jù)庫(kù)，可以了解疾病相關(guān)突變?cè)诎┌Y中的作用，并優(yōu)先考慮可能對(duì)藥物治療有反應(yīng)的突變。
克利夫蘭臨床基因組醫(yī)學(xué)研究所助理研究員費(fèi)熊飛博士說(shuō)：“盡管測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步提供了豐富的癌癥基因組數(shù)據(jù)，但它仍然缺乏彌合大規(guī)模基因組研究和臨床決策之間翻譯鴻溝的能力?！保彩沁@項(xiàng)研究的主要作者?！癕PM是一個(gè)強(qiáng)大的工具，將有助于識(shí)別癌癥的新功能突變/基因、藥物靶點(diǎn)和生物標(biāo)志物，從而加快癌癥精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展?！?
利用臨床數(shù)據(jù)，研究人員整合了來(lái)自33種癌癥類型的10800多個(gè)腫瘤外顯子(基因組的蛋白質(zhì)編碼部分)的近50萬(wàn)個(gè)突變，從而開(kāi)發(fā)了一個(gè)全面的癌癥突變數(shù)據(jù)庫(kù)。然后，他們系統(tǒng)地將突變定位到94，500多個(gè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)和311，000多個(gè)功能性蛋白質(zhì)位點(diǎn)(其中蛋白質(zhì)相互物理結(jié)合)，并包括患者的存活率和藥物反應(yīng)數(shù)據(jù)。
該平臺(tái)分析基因突變、蛋白質(zhì)、PPI、蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)和藥物之間的關(guān)系，幫助用戶輕松搜索可應(yīng)用于臨床的突變。MPM數(shù)據(jù)庫(kù)有三個(gè)交互式可視化工具，可以提供疾病相關(guān)突變及其相關(guān)生存和藥物反應(yīng)的二維和三維視圖。
克利夫蘭診所與其他機(jī)構(gòu)合作在《自然遺傳學(xué)》發(fā)表的另一項(xiàng)研究結(jié)果激勵(lì)了團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)該平臺(tái)。
以往的研究將疾病的發(fā)病機(jī)制和進(jìn)展與破壞人類相互作用基因組、影響細(xì)胞功能的復(fù)雜蛋白和PPI網(wǎng)絡(luò)的突變/變異聯(lián)系起來(lái)。突變可以通過(guò)改變蛋白質(zhì)的正常功能(負(fù)面效應(yīng))或通過(guò)改變PPI(負(fù)面效應(yīng))來(lái)破壞網(wǎng)絡(luò)。
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