倫敦大學(xué)學(xué)院和倫敦弗朗西斯克里克研究所的科學(xué)家開發(fā)了一種新工具，可以快速估計癌性腫瘤中 T 細(xì)胞(免疫細(xì)胞)的數(shù)量*;由于 T 細(xì)胞豐度有助于預(yù)測患者對免疫療法的反應(yīng)，研究人員希望這可以實(shí)現(xiàn)更有針對性和更有效的癌癥治療。
作為英國癌癥研究資助的 TRACERx 項(xiàng)目的一部分，科學(xué)家們分析了來自患者癌性腫瘤的 DNA 測序數(shù)據(jù)，看看他們是否可以量化樣本中 T 細(xì)胞的比例。
解釋這項(xiàng)研究的通訊作者 Nicholas McGranahan 博士(倫敦大學(xué)學(xué)院癌癥研究所)說：“經(jīng)常對癌癥患者的腫瘤進(jìn)行 DNA 測序，以對患者進(jìn)行分層并了解癌癥是如何發(fā)展的。
“對于控制癌癥、影響患者生存和指導(dǎo)治療很重要的免疫細(xì)胞的估計，過去不可能僅根據(jù) DNA 測序數(shù)據(jù)進(jìn)行估計。
“我們旨在探索是否可以開發(fā)一種新方法，直接從 DNA 測序中闡明免疫細(xì)胞，而無需更多數(shù)據(jù)。”
DNA 測序使科學(xué)家能夠看到單個腫瘤如何發(fā)展的進(jìn)化歷史。在這項(xiàng)研究中，他們開發(fā)了一種工具(或方法)來“回顧”并計算 T 細(xì)胞“VDJ 重組”的水平;這是 T 細(xì)胞**中的一個過程，在這個過程中它們被重新組裝或改變并被賦予工具，使它們能夠識別和攻擊入侵者。
具體來說，他們發(fā)現(xiàn)了一個“信號”，它表明 T 細(xì)胞成熟所需的 T 細(xì)胞受體切除環(huán) (TREC) 丟失，這在 VDJ 重組期間發(fā)生。通過給這種“損失”打分，他們能夠準(zhǔn)確估計腫瘤中存在的 T 細(xì)胞數(shù)量。
McGranahan 博士補(bǔ)充說：“我們表明，該評分可用于預(yù)測對免疫療法和免疫逃避機(jī)制的反應(yīng)。
“該分?jǐn)?shù)還可以應(yīng)用于源自正常血液樣本的 DNA 測序數(shù)據(jù)，這些樣本通常收集但直到現(xiàn)在還無法系統(tǒng)地分析免疫內(nèi)容。”
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