破解兒童下呼吸道感染之謎

下呼吸道感染 (LRTI) 包括肺炎等疾病，長(zhǎng)期以來(lái)一直是傳染性病原體導(dǎo)致死亡的主要原因，也是全世界兒童死亡的主要原因。但是，盡管 LRTI 很普遍，但醫(yī)生很難有效地治療 LRTI，因?yàn)槟壳暗脑\斷方法往往無(wú)法最終確定是否存在感染，如果存在，是什么病原體引起的。

現(xiàn)在，在《臨床研究雜志》上發(fā)表的一項(xiàng)研究中，由陳扎克伯格舊金山生物中心 (CZ Biohub SF)、加州大學(xué)舊金山分校 (UCSF)、科羅拉多大學(xué)安舒茨醫(yī)學(xué)院和科羅拉多大學(xué)的研究人員領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)阿肯色醫(yī)學(xué)科學(xué) (UAMS)/阿肯色兒童研究所 (ACRI) 描述了一種用于嚴(yán)重呼吸衰竭兒童 LRTI 診斷的新方法。

該方法將機(jī)器學(xué)習(xí)應(yīng)用于從插管兒童肺液中獲得的宏基因組測(cè)序數(shù)據(jù)，以非常高的準(zhǔn)確性診斷兒科 LRTI 并確定其原因，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)目前的技術(shù)。

在黑暗中拍攝

LRTI 可能由多種細(xì)菌、病毒或真菌病原體引起，但無(wú)論罪魁禍?zhǔn)兹绾?，感染的癥狀在臨床上都相似，甚至難以與非感染性呼吸道疾病區(qū)分開(kāi)來(lái)。CZ Biohub SF 和 UCSF 的生物信息學(xué)科學(xué)家、該研究的主要作者之一 Eran Mick 說(shuō)，由于現(xiàn)有診斷的局限性，醫(yī)生在制定有效的治療計(jì)劃時(shí)經(jīng)常在“戰(zhàn)爭(zhēng)迷霧”下工作。

目前的診斷通常依賴于培養(yǎng)肺液樣本中的細(xì)菌，這很耗時(shí)，而且并不總能正確識(shí)別導(dǎo)致問(wèn)題的細(xì)菌種類(lèi)。這些測(cè)試通常會(huì)產(chǎn)生假陰性結(jié)果或檢測(cè)到實(shí)際上并未引起疾病的偶然微生物。

“在超過(guò)一半的病例中，導(dǎo)致感染的實(shí)際微生物未被識(shí)別，”通訊作者、CZ Biohub SF 研究員和加州大學(xué)舊金山分校傳染病科醫(yī)學(xué)副教授 Chaz Langelier 說(shuō)。“結(jié)果是給予的治療不一定針對(duì)導(dǎo)致問(wèn)題的原因。”

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