斑點叉尾鮰是一種條紋鯰魚，位于傳說中的湄公河，是東南亞最長的河流，也是世界上最大的內陸漁場。越南是這種魚的主要生產國，一年大約養(yǎng)殖110萬噸魚。但與其他商業(yè)魚類不同，如大西洋鱈魚或斑點鯰魚，幾乎沒有基因組數(shù)據(jù)來指導條紋鯰魚的養(yǎng)殖。
現(xiàn)在，沖繩科學技術研究生院(OIST)的科學家正在與越南科學技術研究所的研究人員合作，對條紋鯰魚的全基因組進行解碼。他們的研究結果于2018年10月5日發(fā)表在BMC Genomics上，揭示了這一物種的進化譜系和可能對其健康發(fā)展至關重要的基因的新細節(jié)。
“通過這些基因組數(shù)據(jù)，我們可以很容易地檢查個體鯰魚種群的多樣性，”O(jiān)IST海洋基因組學集團負責人、該研究的第一作者之一Eiichi Shoguchi說?！袄?，在水產養(yǎng)殖中，一種魚可能比另一種魚更能抵抗疾病。現(xiàn)在，你可以檢查個體基因組，找出哪個基因與抗病有關?！?
利用下一代測序技術，研究人員收集了高質量的基因組數(shù)據(jù)，并將其組裝成一個完整的基因組。他們將新基因組與之前公布的斑點鯰魚和斑馬魚基因組數(shù)據(jù)進行了對比——斑馬魚是一種與鯰魚關系密切的模式生物，具有進化性?？茖W家們發(fā)現(xiàn)了亞洲鯰魚和它的美國近親之間的明顯差異，進一步的差異與斑馬魚有關。
特別是，他們發(fā)現(xiàn)條紋鯰魚中兩個基因的丟失在斑馬魚中保持完整，并允許該物種產生自己的防曬霜。鯰魚在河底覓食，超出紫外線范圍，可能不需要這樣的保護。條紋鯰魚確實比斑馬魚有更多的胰島素樣生長因子基因，這可能是其健康生長發(fā)育的關鍵。
利用斑點鯰魚的數(shù)據(jù)，科學家繪制了條紋鯰魚的假想染色體圖——魚類基因所在的線性支架。這張地圖指出了未來研究的方向，比較物種，追蹤它們的系譜和調查它們的基因功能。進化生物學家和水產養(yǎng)殖者可以從條紋鯰魚基因組中學習，現(xiàn)在它已經被解碼了。
越南大學基因組研究所實驗室主任Oanh TP Kim說，在不久的將來，水產養(yǎng)殖者可以開始在自己的條紋鯰魚中搜索和選擇被稱為“分子標記”的最佳DNA片段。技術和這項研究的第一作者。
“條紋鯰魚的基因組信息將使我們能夠“開發(fā)這些分子標記，然后將其應用于分子標記輔助選擇，以獲得鯰魚養(yǎng)殖中經濟上重要的特征。"
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