賓夕法尼亞州立大學(xué)研究人員開發(fā)基因組資源以識(shí)別新病原體

為了加強(qiáng)對(duì)可能導(dǎo)致傳染病爆發(fā)和突發(fā)公共衛(wèi)生事件的新型傳染性細(xì)菌的早期檢測(cè)，賓夕法尼亞州立大學(xué)農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)院的一組研究人員將對(duì) 700 種桿菌的基因組進(jìn)行測(cè)序，這些細(xì)菌是導(dǎo)致炭疽的生物威脅病原體的近親.

該研究由美國疾病控制和預(yù)防中心提供 120 萬美元的資助，該研究將支持聯(lián)邦機(jī)構(gòu)開發(fā)基因組資源和 DNA 序列數(shù)據(jù)庫，以提高其快速檢測(cè)新病原體的能力，根據(jù)團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)人Jasna Kovac 的說法，食品科學(xué)助理教授和 Lester Earl 和 Veronica Casida 食品安全職業(yè)發(fā)展教授。

“你可能聽說過 2001 年的生物恐怖襲擊，在郵件中傳播了引起炭疽病的炭疽桿菌的孢子，”她說。“吸入這些孢子的人會(huì)患上炭疽病，這通常是致命的。”

Kovac 補(bǔ)充說，從生物防御的角度來看，了解可能成為炭疽等新型生物威脅的環(huán)境桿菌的多樣性非常重要，他在桿菌基因組學(xué)方面擁有豐富的經(jīng)驗(yàn)。

“在蠟狀芽孢桿菌群細(xì)菌中有一些已知的例子，其中‘良性’環(huán)境菌株獲得了引起炭疽的能力，”她說。“我們有興趣檢測(cè)和表征具有已知生物威脅和無害環(huán)境微生物特征的相似芽孢桿菌菌株。”

Kovac 指出，如果及早發(fā)現(xiàn)新出現(xiàn)的病原體或生物威脅，它們更有可能被有效控制以防止突發(fā)公共衛(wèi)生事件。“我們正在與 CDC 合作創(chuàng)建一個(gè)大型桿菌數(shù)據(jù)庫，以支持其開發(fā)快速實(shí)驗(yàn)室方法，以檢測(cè)新型、天然或工程病原體和潛在的新興生物威脅，”她說。

這些數(shù)據(jù)庫將增強(qiáng)和加強(qiáng)由 CDC 準(zhǔn)備和新發(fā)感染小組開發(fā)的現(xiàn)有基因組學(xué)方法和生物信息學(xué)管道。Kovac 指出，這將允許快速檢測(cè)與增加的生物威脅風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的基因組標(biāo)記。

她說：“我們具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)，可以完成擬議的工作，并支持 CDC 擴(kuò)展參考數(shù)據(jù)庫以檢測(cè)新出現(xiàn)的傳染病。”“在賓夕法尼亞州立大學(xué)的食品科學(xué)系，我們擁有微生物學(xué)和基因組學(xué)專業(yè)知識(shí)，并且可以獲取大量獨(dú)特的、環(huán)境和食物桿菌，這些桿菌保存在由我們?cè)诳的螤柎髮W(xué)的合作者管理的食品微生物追蹤器培養(yǎng)物收集和數(shù)據(jù)庫中。”

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