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如何讓生物醫(yī)學(xué)研究數(shù)據(jù)能夠交互

導(dǎo)讀 互操作性的概念描述了不同系統(tǒng)進(jìn)行通信的能力。這是生物醫(yī)學(xué)研究中的一個重大挑戰(zhàn),尤其是在個性化醫(yī)療領(lǐng)域,這主要基于對大量數(shù)據(jù)集的編譯

互操作性的概念描述了不同系統(tǒng)進(jìn)行通信的能力。這是生物醫(yī)學(xué)研究中的一個重大挑戰(zhàn),尤其是在個性化醫(yī)療領(lǐng)域,這主要基于對大量數(shù)據(jù)集的編譯和分析。例如, 大流行表明,即使解除了技術(shù)、法律和道德限制,由于語義模糊,數(shù)據(jù)仍然難以分析。在瑞士個性化醫(yī)療網(wǎng)絡(luò) (SPHN) 的支持下,并與所有五家瑞士大學(xué)醫(yī)院和 eHealth Suisse 的代表密切合作,由日內(nèi)瓦大學(xué) (UNIGE) 和日內(nèi)瓦大學(xué)醫(yī)院 (HUG) 的科學(xué)家組成的團(tuán)隊,與 SIB 瑞士生物信息學(xué)研究所和洛桑大學(xué)醫(yī)院 (CHUV) 合作,制定了被所有瑞士大學(xué)醫(yī)院和學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)采用的國家基礎(chǔ)設(shè)施戰(zhàn)略。憑借其務(wù)實的方法,該策略基于通用語義框架的開發(fā),該框架不旨在取代現(xiàn)有標(biāo)準(zhǔn),而是根據(jù)研究和相關(guān)合作伙伴的需求以協(xié)同和靈活的方式使用它們。該戰(zhàn)略的實施已經(jīng)開始,標(biāo)志著在瑞士為真正個性化醫(yī)療刺激研究和創(chuàng)新邁出了關(guān)鍵一步。在期刊中閱讀更多內(nèi)容該戰(zhàn)略基于通用語義框架的開發(fā),其目的不是取代現(xiàn)有標(biāo)準(zhǔn),而是根據(jù)研究和相關(guān)合作伙伴的需要以協(xié)同和靈活的方式使用它們。該戰(zhàn)略的實施已經(jīng)開始,標(biāo)志著在瑞士為真正個性化醫(yī)療刺激研究和創(chuàng)新邁出了關(guān)鍵一步。在期刊中閱讀更多內(nèi)容該戰(zhàn)略基于通用語義框架的開發(fā),其目的不是取代現(xiàn)有標(biāo)準(zhǔn),而是根據(jù)研究和相關(guān)合作伙伴的需要以協(xié)同和靈活的方式使用它們。該戰(zhàn)略的實施已經(jīng)開始,標(biāo)志著在瑞士為真正個性化醫(yī)療刺激研究和創(chuàng)新邁出了關(guān)鍵一步。在期刊中閱讀更多內(nèi)容JMIR 醫(yī)學(xué)信息學(xué)。

個性化醫(yī)療基于對大量數(shù)據(jù)的開發(fā)和分析,無論是基因組數(shù)據(jù)、流行病學(xué)數(shù)據(jù)還是醫(yī)學(xué)成像數(shù)據(jù),以提取意義。為了能夠做到這一點,交叉引用和聚合相互理解的數(shù)據(jù)是強(qiáng)制性的,即使它們來自非常不同的來源。

考慮到這一點,瑞士政府于 2017 年創(chuàng)建了瑞士個性化健康網(wǎng)絡(luò) (SPHN),這是一項由瑞士醫(yī)學(xué)科學(xué)院與 SIB 瑞士生物信息學(xué)研究所合作的倡議,旨在促進(jìn)該網(wǎng)絡(luò)的使用和交流。用于研究的健康數(shù)據(jù)。“盡管在過去十年中進(jìn)行了大量投資,但仍然存在重大差異”,UNIGE 醫(yī)學(xué)院放射學(xué)和醫(yī)學(xué)信息學(xué)系主任兼 HUG 醫(yī)學(xué)信息科學(xué)系主任 Christian Lovis 說。“這就是為什么我們希望與我們的合作伙伴和 SPHN 一起提出一種足夠靈活的戰(zhàn)略和通用標(biāo)準(zhǔn),以適應(yīng)各種當(dāng)前和未來的數(shù)據(jù)庫。”

三支柱戰(zhàn)略

我們根據(jù)三個主要標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行交流:我們賦予事物的意義,因為我們必須在相互理解的共同基礎(chǔ)上達(dá)成一致;技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)——我們說話的聲音;最后,用句子和語法組織意義和聲音,以可理解的方式構(gòu)建交流。“就數(shù)據(jù)而言,這是一回事,Christophe Gaudet-Blavignac 解釋說,他是 Christian Lovis 領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊的研究員。你必須就語義達(dá)成一致,從概念上表示必須傳達(dá)的內(nèi)容。然后我們需要一種組合語言將這些含義與表達(dá)需要表達(dá)的一切所需的所有自由結(jié)合起來。最后,根據(jù)所涉及的項目和研究社區(qū),這將根據(jù)需要“轉(zhuǎn)換”為數(shù)據(jù)模型,

“因此,我們的目標(biāo)是統(tǒng)一詞匯,以便它們可以用任何語法進(jìn)行交流,而不是從頭開始創(chuàng)建一個新詞匯,每個人都必須重新學(xué)習(xí)”,Christian Lovis 說。“從這個意義上說,瑞士聯(lián)邦制是一個巨大的優(yōu)勢:它迫使我們想象一種可以在任何地方應(yīng)用的去中心化戰(zhàn)略。因此,這種限制創(chuàng)造了開發(fā)一種不受當(dāng)?shù)卣Z言、文化和法規(guī)影響的系統(tǒng)的機(jī)會。 ”這使得僅在最后一步應(yīng)用特定數(shù)據(jù)模型以適應(yīng)特定項目所需的格式成為可能——例如,在與美國團(tuán)隊合作的情況下,食品和藥物管理局 (FDA) 格式,或特定國家或研究計劃使用的任何其他特定格式。

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